Lyra er 12 år og bor på Jordan-kollegiet sammen med sin bedste ven Roger. Hun har det trygt og godt, men pludselig sker der ting og sager, som vender op og ned på det hele. Børn forsvinder, Lyras onkels ekspedition til Arktis bliver forsøgt stoppet - og en videnskabskvinde henvender sig til Lyra for at lokke oplysninger ud af hende. Har det hele noget at gøre med det gyldne kompas, som Lyra er i besiddelse af?